目前我国数字乡村建设还存在一些短板：主要表现在资金、技术、数据、人才等要素的投入力度不足。乡村地区的新型基础设施建设相对滞后，数字素养总体偏低；农业数字技术支撑不足，缺乏经济实用的农业生产智能化设施设备和技术；农业有效数据资源不足，数据资源分散、不够精准，难以利用数据进行趋势性决策分析；大部分农业经营主体文化程度不高，难以应用数字化技术。
另外，当前数字乡村项目建设还存在过多依赖政府投入的现象，尤其是资金投入方面，对社会资本的吸引不足，多元化的协同参与、运营机制还未有效普及，建设力量相对薄弱。开展数字服务且具备较强实力的企业和人才短缺，基层部门数字化专门人员配备不充足，各部门的协调机制有待建立。经济社会效益好的数字乡村新业态、新模式还需要深入探索和挖掘。农民的参与度与获得感还需要进一步提高。
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